Σημαντικό μέλημα του Ιδρύματος αποτελεί η ανάπτυξη και η συνεχής αναβάθμιση του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου, το οποίο αποτελεί σύνολο επαρκώς τεκμηριωμένων και λεπτομερώς καταγεγραμμένων ελεγκτικών μηχανισμών και διαδικασιών, ενσωματώνει τις βέλτιστες αρχές της εταιρικής διακυβέρνησης και καλύπτει σε συνεχή βάση κάθε δραστηριότητα και συναλλαγή συντελώντας στην αποτελεσματική και ασφαλή λειτουργία της.
Το Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου, το οποίο αναφέρεται στο Διοικητικό Συμβούλιο αποτελείται από:
Η Μονάδα Εσωτερικής Επιθεώρησης μεριμνά για την ορθή λειτουργία όλων των μηχανισμών, των διαδικασιών και των ενεργειών που αποσκοπούν στην απρόσκοπτη εφαρμογή της εταιρικής διακυβέρνησης και εξετάζει την επάρκεια και την αποτελεσματικότητα των υφισταμένων συστημάτων ελέγχου.
Η Κανονιστική Συμμόρφωση έχει ως στόχο:
Η Διαχείριση Κινδύνων αναγνωρίζει και προσδιορίζει τους βασικούς κινδύνους που αντιμετωπίζει το Ίδρυμα καθώς και τους πιθανούς κινδύνους σύμφωνα με τις μεθόδους που επιβάλλει το κανονιστικό πλαίσιο και σύμφωνα με εφαρμοσμένες μεθόδους που επιβάλλει η εταιρική διακυβέρνηση, προτείνει μέτρα αντιμετώπισης των κινδύνων και αναφέρεται παράλληλα για τα θέματα της αρμοδιότητας του στο διοικητικό συμβούλιο.